2020年12月30日，交通运输部南海航海保障中心港珠澳大桥航标处正式揭牌成立。此举将为过往船舶提供更优质的导助航服务，提升船舶遇险应急处置能力，保障大桥及附近水域水上交通运输安全畅通，更好服务粤港澳大湾区经济社会发展。

港珠澳大桥航标处主要承担大桥主体工程附近水域及辖区航标建设养护、航海保障技术支持及服务保障工作，下设桥区、高栏、桂山、三灶4个航标管理站，辖区覆盖西起小襟岛、东至担杆头沿海120海里，南起珠江口、北至淇澳岛纵深50海里沿海水域，负责管理各类航标448座。

据悉，自2009年港珠澳大桥开工建设以来，南海航海保障中心共设置调整航标1290座次，发布水域航标动态175份；开展扫海测量37项，扫测面积达324.5平方公里，绘制专题图56幅，印制12余万份。2019年，港珠澳大桥157座专用航标全部转为公用航标收归交通运输部管理；2020年10月，大桥水域公用航标全部采用北斗终端远程管理，北斗覆盖率达100%。